人気連載中のウェブマンガ『Ｗ』の作家オ・ソンムを父に持つヨンジュは、ミョンセ病院胸部外科のレジデント。ある日、指導医のパク教授に呼び出された彼女は、『Ｗ』の最終回の内容を父親から聞き出してこいと命じられる。ヨンジュは戸惑うが、執刀の一部を任せてやると言われてすっかり乗り気に。ところがアシスタントのスボンから、ソンムが行方不明になったと知らされる。父の作業場に向かったヨンジュは最終回の原稿を目にするが…。

父のソンムが戻ってきたと聞き、作業場を訪れたヨンジュ。マンガの世界でカン・チョルの命を救ったことについて話そうとするが、父の冷たい反応を見た彼女は何も言えないまま病院に戻る。その後、ソンムはチョルが入院中に死ぬという結末を描き始め、ヨンジュは父に電話をかけて猛反対する。その最中、再びマンガの世界に移動したヨンジュは、病院に駆けつけてチョルを危機から救う。チョルは捜し続けていたヨンジュとの再会を喜ぶが…。

ヨンジュはチョルにキスをして驚かせ、現実の世界に戻ることに成功。ところが退勤中にバス停で気を失い、またしてもマンガの中へ。チョルは気絶したヨンジュを自分のペントハウスに連れて行って介抱する。朦朧とした意識の中でチョルの話をするヨンジュ。チョルは、自分についてあまりにも多くのことを知っているヨンジュの正体が気になる。２日後に目覚めたヨンジュは、マンガの中から脱出するため再びチョルを驚かせようとするが…！？

チョルは自社の犯罪捜査番組を担当するヒョンソクに会いに行き、ヨンジュは自分の人生の秘密を解き明かす唯一の存在だと話す。一方、ペントハウスに残ったヨンジュは、チョルが用意させた高価な服や化粧品の山を見てびっくり！ チョルからの電話にいっそう胸をときめかせるが、ソヒが仕掛けた罠に陥って警察に逮捕されてしまう。これを知ったチョルは出張先から急いで帰国。ヨンジュを救い出すため、拘置所に直行するが…。

自分がマンガの主人公であることを知ったチョル。その瞬間、マンガの世界ではチョル以外の一切が止まってしまう。現実のソウルに足を踏み入れたチョルは、書店でマンガ『Ｗ』を読み、自分の人生がすべて描かれていることを確認して呆然とする。一方、手術の準備をしていたヨンジュは同僚から「フィアンセが来た」と知らされ、現実の世界にいるチョルと対面して驚く。チョルはヨンジュに感謝の気持ちを伝えた後、ソンムの家に向かうが…。

ヨンジュは銃で撃たれたソンムと共に救急車に乗り込み、必死で救命処置を行う。一方、チョルはヨンジュ宛てに遺書を書き、自らマンガを終わらせるために漢江に飛び込む。この場面をウェブマンガで見たヨンジュは漢江に駆けつけるが、すでにチョルの姿はなかった…。そんな中、ソンムが意識を取り戻す。『Ｗ』の編集者と会ったヨンジュは、最終回に不満を抱く読者たちがチョルを生き返らせてほしいという署名運動を行っていることを知るが…。

マンガの世界で目覚めたチョル。ヨンジュは拘置所に逆戻りするが、チョルを生かすことに成功したと気づいて満足げに微笑む。チョルは護送中のヨンジュに会い、彼女に助けられたことを知る。ヨンジュは自分を合法的に拘置所から出してほしいとチョルに頼み、甘いロマンスものの続編を一緒に作ろうと提案。だが後日、面会に訪れたチョルはなぜ勝手に自分を助けたのかとヨンジュを責める。ヨンジュはチョルの冷たい言葉に涙を流すが…。

ヨンジュと結婚し、幸せな第二の人生を歩み始めたチョル。だが、自分の家族を殺した真犯人から電話を受けた彼は、今度はヨンジュの番だと脅されて不安に襲われる。そんな中、料理をしていたヨンジュが包丁で指を切る。指先から流れる血を見たチョルは、いまやマンガの中でもヨンジュが死ぬ恐れがあることに気づく。真犯人はヨンジュの命を狙い、現実の世界にまで現れるようになっていた。チョルはヨンジュを守るためにある決意をして…。

飛行機の中で真犯人と遭遇したソンムは、急きょ帰国してヨンジュの安全を確認する。車の中でマンガを描き続けたヨンジュは、疲れ果てて自宅で寝込んでいた。マンガを読んだソンムはチョルがヨンジュに託したＵＳＢメモリの内容を確認し、チョルが真犯人を見つけるというハッピーエンドで『Ｗ』を終わらせようと決意する。そんな中、ヨンジュは再びマンガの世界に吸い込まれる。ところが、ヨンジュとの思い出はチョルの記憶から完全に消えていて…。

真犯人はソンムの顔を奪い、テレビ局で銃を乱射する。ヨンジュは再びマンガの世界に移動し、チョルに急かされながら負傷者の手当てをする。しかしヨンジュの記憶を失ったチョルには、彼女が自分を切なそうに見つめる理由がわからない。その後ヨンジュはいつまでも現実に戻ることができず、空腹のあまりソヒの家に忍び込んで…！？ 一方、真犯人の登場により、10年前に検事としてチョルを有罪に追い込んだハン・チョルホ議員は危機に陥るが…。

ヨンジュはチョルの傷を手当てした後、彼にキスをして現実の世界へ戻る。真犯人がソンムを操って『Ｗ』のストーリーを変えたことを知った彼女は、チョルを救うためにマンガの続きを描き始める。ところが、ヨンジュは突然ハン議員の事務室に移動。チョル以外の人物も自分をマンガの世界へ呼べることを知って驚く。『Ｗ』の中ではチョルが指名手配されてからすでに１カ月が経過していた。ヨンジュは田舎に身を隠したチョルに会いに行くが…。

マンガ『Ｗ』を読んだことをヨンジュに明かし、自分の正体を尋ねたチョル。その瞬間、異次元への扉が現れ、チョルはヨンジュと共に現実の世界へ足を踏み入れる。チョルはソンムの作業場で自分の置かれた状況をすべて把握し、タブレット越しに真犯人と対峙して銃を突きつける。しかし、真犯人に主人公の座を奪われたチョルの体は、次第に消滅しつつあった。チョルはヨンジュをデートに誘い、もう一度マンガの続きを描いてほしいと頼むが…。

チョルはスボンと共にマンガ『Ｗ』で描かれた過去のシーンを編集し、新たなストーリーを組み立てる。その内容は、ハン議員が真犯人を始末した後、ハン議員も警察に逮捕されるというものだった。いよいよマンガが完結する日が近づき、ヨンジュは現実の世界でチョルと仲良く暮らす未来を想像しながら幸せな気分に浸る。そんな中、チョルが現実の世界でソヒを目撃するという奇妙な現象が発生。一方、ヨンジュは父が部屋から消えたことに気づくが…。

真犯人に撃たれ、病院に緊急搬送されたヨンジュ。助かる見込みは薄いと医師に宣告されたチョルは、意識不明のヨンジュをマンガの世界に連れていく。しかし、ヨンジュはまもなくチョルの部屋で息を引き取ってしまう。娘の死を知ったソンムは自暴自棄になるが、チョルはマンガを描けばヨンジュを生き返らせることができると彼を説得する。チョルは複製されたソンムのタブレットがマンガの中にあると確信し、ハン議員の事務室に忍び込むが…。

ヨンジュはホテルの前でチョルの帰りを待つが、いつまで経っても彼は現れない。マンガの世界ではヨンジュが撃たれてから約1年が経過していた。ヨンジュは偶然通りかかったソヒからチョルが逮捕されたことを聞き、裁判を傍聴してチョルと再会する。チョルは死刑を宣告されるが、突如現れた手錠のカギと銃を使って脱走。チョルとヨンジュは現実の世界に戻るため、今度こそハッピーエンドでマンガ『W』の最終回を完結させようとするが…。

『Ｗ』が完結すれば、チョルかソンムのどちらかを失うことになると知ったヨンジュ。身を引く覚悟をしたチョルは、自分とヨンジュの指から結婚指輪を外し、ヨンジュに決断を迫る。ヨンジュは２人を生かすためにこのままマンガの世界に残ると答え、チョルに反対されるが…。そんな中、チョルは監禁されたドユンを救い出すが、ハン議員に撃たれて重傷を負う。チョルから電話を受けたヨンジュは、彼が待つバス停に急いで車を走らせて…。